Das Set besteht aus zwei oder mehr luftdicht verschließbaren Eimern, die in der Regel mit einem Ablaufhahn ausgestattet sind, sowie einem Vorrat an Bokashi-Impfmaterial. Das Impfmaterial besteht üblicherweise aus Getreidekleie, die mit Milchsäurebakterien (Laktobakterien) und Hefen versetzt wurde. Diese Mikroorganismen sorgen dafür, dass Lebensmittelabfälle oder andere geeignete organische Materialien fermentiert werden.

Für die Bokashi-Methode werden die Lebensmittelabfälle in kleine Stücke geschnitten, schichtweise in einen Eimer gegeben und jeweils mit einer kleinen Menge Bokashi-Kleie bestreut. Das Material wird fest nach unten gedrückt, um möglichst viel Luft herauszupressen. Anschließend wird der Eimer mit dem Deckel luftdicht verschlossen, damit kein Sauerstoff eindringen kann. Geben Sie weiterhin Lebensmittelabfälle und Bokashi-Kleie hinzu, bis der Eimer voll ist. Danach bleibt er für einige Wochen verschlossen. Öffnen Sie außerdem alle paar Tage den Ablaufhahn, um eventuell entstandene Flüssigkeit abzulassen. Diese Flüssigkeit kann im Verhältnis von 1 Teil Bokashi-Flüssigkeit zu 10–20 Teilen Wasser verdünnt und als Pflanzendünger verwendet werden.

Wenn ein Eimer voll ist, können Sie auf die gleiche Weise mit dem Befüllen eines weiteren Eimers beginnen. Die Bakterien und Hefen fermentieren die Lebensmittelabfälle – sie werden also langsam unter anaeroben Bedingungen abgebaut –, ohne dass dabei unangenehme Gerüche entstehen. Nach einigen Wochen ist der Fermentationsprozess abgeschlossen und der Inhalt kann entnommen werden. Das fermentierte Material kann anschließend als stickstoffreiches „grünes“ Material kompostiert werden. Dabei sollte es mit einer großen Menge kohlenstoffreicher „brauner“ Materialien in einem nagetiersicheren Kompostierungssystem vermischt werden. Alternativ kann es in einem belüfteten, nagetiersicheren Behälter mit Erde vermischt und dort weiter zersetzt werden.

Laktobakterien sind „fakultative“ Organismen. Das bedeutet, dass sie sowohl unter anaeroben als auch unter aeroben Bedingungen aktiv sein können. Unter anaeroben Bedingungen produzieren sie Milchsäure, die verhindert, dass sich schädliche Organismen im Bokashi-Eimer vermehren. Unter aeroben Bedingungen nutzen sie Sauerstoff für ihren Stoffwechsel. Das fermentierte Material kompostiert sehr schnell, sobald die Laktobakterien von anaeroben zu aeroben Bedingungen wechseln. Das Ergebnis ist nährstoffreicher Kompost bzw. nährstoffreiche Erde, in der die Lebensmittelabfälle vollständig zersetzt wurden.